清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。 严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

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督察吴落茜（杨紫琼 饰）身手敏捷、嫉恶如仇，某日在赴约时惊见身为伦敦方面调查员的好友身死，原来该调查员因掌握了田氏集团假合约的胶片而被杀。当日，胶片被闯入宾馆的小偷散利痛（孟海 饰）、止立消（岑建勋 饰）无意中盗走，二人将带有胶片的护照交与师兄弟脱苦海（徐克 饰）加工贩卖。同时，伦敦方面派出女警麦瑞（罗芙洛 饰）赴港调查调查员遇害一案。脱苦海师兄弟三人为了摆脱自己调查员遇害一案的嫌疑，选择向警方告密，结果被假护照买家寻仇。而一直在暗中计划夺回胶片的田氏集团，亦派出杀手追踪脱苦海师兄弟的下落，吴落茜与麦瑞的女警组合只得与脱苦海等人以及田氏集团斗智斗勇……

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美国唐人街由于越南难民的涌入，形势更加复杂。当局对此更为关注和恐惧，遂暗中策划"以华制华"政策。一日，的士司机关志华突遭越青帮袭击，关与同伙准备报仇。当他们赶至越青帮聚集地时，发现对方全已遭毒手。警方接报后将此地包围，关被当成凶手为警方通缉，他只好潜返香港暂避。美警方追至香港，关再陷杀机之中。关从律师口中得知此乃政治阴谋。由于关的机智勇猛，越青帮没能奈何他，却捉走他的妻儿作人质迫他投降。关在澳门与越青帮交换人质时爆发了一场血战，他虽救出了妻儿，但料到今后的日子仍将陷于荆棘之中。

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六年前，拥有绝世本领的焰众忍者虎影（斋藤工 饰）与月影（芳贺优里亚 饰）坠入爱河，后者更怀上了虎影的孩子。然而焰众首领东云幻斋（椎名英姬 饰）绝不允许手下有这种叛逆之举，于是对二人进行严刑拷打。在遭受了残酷的折磨后，虎影夫妇一路逃亡，最终在某个偏远山村落脚，和他们的儿子孤月过着与世无争的平凡生活。这一日，东云派出忍者前往耶严藩偷窃金银秘卷，谁知却遭遇对方殊死抵抗，最终只拿到了银卷。为了得到金卷，东云找到虎影夫妇，并且绑架了二人的儿子来要挟他们潜入耶严城。 为了营救最爱的孩子，夫妇俩只得再入血雨腥风的江湖，投身于连绵不断的忍者大战之中……