虽然纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）协助美国魔法部将邪恶的黑巫师格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 饰）捉拿归案，但最终格林德沃还是逃脱了禁锢，他来到了法国巴黎，一是为了集结信徒掀起革命，二是为了寻找同样藏匿在这里的克雷登斯（埃兹拉·米勒 Ezra Miller 饰），寄生在克雷登斯身上的默默然是帮助格林德沃实现野心的不可或缺的道具。
格林德沃的潜逃在整个魔法世界里都掀起了轩然大波，一时间草木皆兵。邓布利多（裘德·洛 Jude Law 饰）秘密的找到了纽特，希望他能够前往巴黎，先格林德沃一步找到克雷登斯。和纽特一起踏上巴黎之旅的，是麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰），他此行的目的，是要找回先前因为吵架而来到巴黎投奔姐姐蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的恋人奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）。
这个故事发生在米罗（詹姆斯·阿诺德·泰勒 James Arnold Taylor 配音）和齐达（克里·萨莫 Cree Summer 配音）留在亚特兰提斯之后，当几艘货船在亚特兰提斯北方的海域遭受攻击时，两人和前来探险的小组展开了调查，却发现攻击者并非机械龙虾，而是其他神秘的力量。
在渡过这次危机后，齐达决定找出如何最大限度地利用魔幻水晶的方法。她与米罗以及探险队员一同踏上了旅程，希望揭开事件背后的谜团。他们面临着一个重要的抉择，是将魔幻水晶运用起来，还是永远将其隐藏。在寻找答案的过程中，他们遭遇了各种挑战和危险，他们必须面对自己内心的矛盾和观念之争，同时也要权衡利益和可能带来的后果，这个决定将决定亚特兰提斯的未来和他们自己的命运。
